Trong kết luận, cơ quan thanh tra chỉ ra những vi phạm, khuyết điểm của Bộ trưởng, Thứ trưởng Bộ Y tế thời kỳ liên quan.
Việc 2 dự án bệnh viện trên bị dừng thi công nhiều năm nay, và các sai phạm trong quá trình triển khai đã gây thiệt hại và lãng phí hơn 1.000 tỷ đồng.

Kết luận nêu, những sai phạm trong quá trình triển khai 2 dự án bệnh viện có tính hệ thống, vi phạm sau có nguyên nhân từ vi phạm trước, có yếu tố chủ quan xảy ra ở hầu hết các khâu.
Bộ trưởng, Thứ trưởng phụ trách Bộ Y tế đã có vi phạm trong việc phê duyệt chủ trương tuyển tư vấn nước ngoài lập dự án, thiết kế dự án thiếu căn cứ, không đáp ứng các điều kiện theo quy định của pháp luật.
Có kết luận chỉ đạo trái pháp luật về đơn vị tư vấn nước ngoài thực hiện các gói thầu tư vấn lập dự án khi chưa thực hiện quy trình lựa chọn nhà thầu.
Bộ trưởng, Thứ trưởng Bộ Y tế bị kết luận là "thiếu trách nhiệm, buông lỏng quản lý, không đôn đốc kiểm tra, giám sát và không thực hiện đầy đủ nhiệm vụ, quyền hạn khác của người quyết định đầu tư. Từ đó để xảy ra nhiều thiếu sót, khuyết điểm, vi phạm, sai phạm trong hầu hết các khâu thực hiện dẫn đến việc sử dụng không hiệu quả, không sử dụng hết nguồn vốn được cấp”.
Đối với Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm và các đơn vị, cá nhân có liên quan, cơ quan thanh tra nhận định không đáp ứng năng lực về kinh nghiệm, chuyên môn, sử dụng tư vấn không đảm bảo chất lượng, không đáp ứng các điều kiện về năng lực.
Các đơn vị này có nhiều vi phạm trong việc lựa chọn và sử dụng tư vấn để hỗ trợ cho việc thực hiện các chức năng, nhiệm vụ theo quy định của chủ đầu tư.
Cố ý vi phạm, cố ý báo cáo sai, không trung thực, không khách quan, không tiếp thu và giải trình đầy đủ ý kiến thẩm tra, thẩm định của các cơ quan chuyên môn, cơ quan có thẩm quyền.
Thiếu trách nhiệm, không thực hiện, thực hiện không đúng chức năng, nhiệm vụ theo quy định của chủ đầu tư, nhất là trong quản lý tiến độ và quản lý chi phí đầu tư xây dựng.
Không thực hiện kịp thời các biện pháp theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cấp có thẩm quyền thực hiện các biện pháp đảm bảo tiến độ dự án, hiệu quả sử dụng vốn ngân sách nhà nước…

Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ trưởng Bộ Y tế tổ chức kiểm điểm trách nhiệm và có hình thức xử lý nghiêm trách nhiệm theo quy định của pháp luật đối với bộ trưởng, thứ trưởng được phân công phụ trách 2 dự án theo từng thời kỳ.
Bộ Y tế tổ chức kiểm điểm, xử lý nghiêm trách nhiệm đối với lãnh đạo, cán bộ thuộc Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế (nay là Cục Hạ tầng và Thiết bị y tế) và Ban quản lý dự án y tế trọng điểm có liên quan đến vi phạm, sai phạm đã nêu trong kết luận.
Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Bộ Y tế bồi thường thiệt hại ngân sách nhà nước hơn 354 tỷ đồng. Trong đó có 80 tỷ đồng từ 4 gói thầu tư vấn do giá hợp đồng vượt định mức; gần 20,7 tỷ đồng, do điều chỉnh sai thiết kế móng từ khoan nhồi sang ép cọc bê tông – một thay đổi không thuộc trường hợp được phép điều chỉnh theo Luật Xây dựng 2014; 253,6 tỷ đồng chi phí phát sinh từ khi dừng thi công đến ngày 31/12/2024. Thanh tra Chính phủ yêu cầu các bộ phải chuyển thông tin đến Bộ Công an nếu phát hiện thêm vi phạm khác.